(画像をクリックするとフルサイズで見られます)。心を入れ替えよ。
そろそろ年会は諦めようかと思っていたところで原料がグラムスケールでとれてきた。フラスコの神様にはそう簡単には許して貰えないらしい。
スケールが小さいときにはうまくいくのに、スケールが上がるといかなくなるのは本質的に何か問題を抱えている証拠。とはいえこの時期に原料合成で躓くのはとても痛い。
THF嫌い。
防衛省不祥事、とうとう前次官が収賄で逮捕。奥方も非公務員ながら身分無き共犯で一緒に逮捕されたというから何だかなあ。
このところ話題の期限改竄、とうとうMcDonald'sでも。というか本郷三丁目店っていつも食べてるところじゃないか.......
未明になってから、今日の実験報告にもう一ネタ欲しいなとか思い立って測定を始めるという愚かしさ。
東京でも一気に紅葉が進んだ感じ。
何故か激烈に眠い。
玄語総図スクリーンセーバーなるものがあるらしい。三浦梅園研究所なるサイトで配布している。どうやら「玄語」中の図を順番に表示していく代物のようだ。図は二分木をモチーフとする高い対称性をもち、同じ構造を用いて中に書き入れる文字を変えることで森羅万象を表現しようとするもので、確かにスクリーンセーバー向きだ。
「玄語」については、大学の1年次に、理系でも思想・哲学系の科目を何単位か取らねばならないという決まり事のために適当に履修したうちの一つである、小川晴久先生の東洋思想史とかなんとかいう授業で知った。しかし、二階席まであるような大教室の後ろの方で、難解な文字の並ぶ配布物を眺めていたところで、塵ほども理解できるはずもなく。7年経って頭に残っていることといえば、江戸時代に三浦梅園という医者がいて、「玄語」他数冊の哲学/思想書を書いたということ、「玄語」には一即一一ということが書いてあって、一から一と一が生成するらしいということ、これは易で言うところの大極から陰と陽が生じるのに似ているが、陰陽ではなくて元と同じ一と一が生じるとかなんとか先生がおっしゃっていたような気がすること、梅園はまた経済学書であるところの「価原」なる書を書いていて、(銭の意味での)金は富の交換の方法であってそれ自身をためこんでいても富を持っていることにはならない?(他の話が混じってるかも)とかなんとか、エンデと地域通貨が梅園と関係有るのどうのこうの、あとは駒寮関係の話とか某総連前での活動の話とか全く授業と関係ないことばかり。ちなみに単位の方は、「価原」を読んで、今から思えば全く意味不明な駄文を拵えてレポートとして提出したところ、レポート出した人間がよほど少なかったのか、何故か貰えました。
かの湯川博士も熱読したと言うが、暇とよい手引きがあれば今度こそちゃんと玄語を読んでみたいもの。しかし授業で配られたプリントはおそらく押し入れの奥底で鼠の餌にでもなってるだろうからねえ、もったいないことしたものだ。
基本に忠実に。たとえばGrignard試薬を調製するときは反応混合物をちゃんと氷冷するとか。別に突沸させなきゃいいんでしょとかいってガンガンに発熱させて自発還流するがままに任せておくとよろしゅうない。まあ反応性が低ければそれでもよかったんでしょうけど(あるいはそうしないと反応が止まってしまい色々と面倒なことになるのでしょうが)、反応性がそれなりにあるとWurtz反応とか逝ってしまうからねえ。
とかいうことを、昔にやった原料合成のところの実験ノートのページを読んでいて思った。
基本に忠実にすると収率が上がる。というか、これまでの収率があり得なさすぎるだけか。なまじ文献収率が低いと、自分の収率が低くてもあんまり気にならないからねえ、罠だなあ。
信じられなかったわたしの負けかな。
原料合成の話。いつもの方法ではなくて、ひとのかいたプロシージャーをもとにやっていて、途中でNMR測定して結果を悲観して手順を若干変更したら、その変更のせいで生成物が見事に分解(alcoholysis)。やりなおしている時間がほとんどないので、早め早めに軌道修正しようとしたのだが、それならまだ原理がよくわからない他人の方法なんぞ使うよりも面倒くさくてもいつもの方法を用いるのが筋だよね。
文献の紙の上でしか見たことのない反応が、実際に行くことを見いだした瞬間は感動もの.....のはず。こうも締め切りに追われて切羽詰まってなければ。
めちゃくちゃ寒い。一ヶ月くらい先に進んだみたいな。
うーん、やっぱり気が付いたら日が落ちていた、みたいな? せっかくの日曜が....
moldenというフリーソフトがあります。Gaussian等の分子軌道計算プログラムの出力を可視化してくれます。まあGaussViewがあればいいじゃんかという話もありますが、こんな使い方も。Gaussianの構造最適化ジョブの出力を読み込ませ、"Movie"ボタンを押すと、構造がどのように変化していったかが動画でみれます。また、"Geom. conv."ボタンを押すと、エネルギーや力、変位の変動の様子がグラフ表示できます。これらの情報は、unix系システムで"egrep 'SCF Done|YES|NO ' a.log"(NOのあとにスペースいっこ必要)とかやるとテキストデータで得られるものですが、視覚化するとなおわかりやすい。実例の画像を以下に示します。
(画像をクリックするとフルサイズで見られます)。
この例では、あと一歩のところで構造が振動し、収束しない様子が一目でよくわかります。
なお、このソフト(molden)はwindows版バイナリも配布されていますが(サイトのMolden topics: の上から二番目、How to get a copy of Molden?のリンクをたどり、次のページの下の方のClik here for information on the WindowsNT/95/98 version of molden.のリンクをたどって出てくるwin版のページの、Installationの項目にかいてあるようにftpでzipファイルを落としてくるか、もしくはその項目の最初に書いてある文I recommend that you download tha molden_windows_nt_95.zip file from the Molden ftp-server located in the bin directory.中のリンク部分をクリックして、ファイルに保存を選び、得たzipファイルを適当なフォルダに解凍)、完全にwindowsプログラム化しているわけではなくて、X-server (unix系OSでwindowsのシェルのようなGUIを実現するX window systemを動作させるプログラム)が必要です。もしcygwinを使用しているなら、setup.exeを使ってXのopenboxにチェックをいれておけば必要なものは全部インストールされます。そのあと、cygwinのシェルで、moldenをインストールしたディレクトリに移動し、xwin& と ./molden.exe&の二つのコマンドを実行すれば、Xwindow上にウィンドウが開いて使えるようになります。参考までに。
オシム監督が脳梗塞で倒れたとか。心配です。
中間報告お疲れさまでした。来年は自分がやる番だと思うと、もっとばしばしすすめなあかんなあと。
夏からずるずると連続していた忙しいイベントがひととおりおわったので、すっかり気抜けになっていますが、じつは年会の講演申し込み締め切りが半月後だったりします。とはいえ、ネタないからねえ。一応心づもりはあり、それに向けて実験をすすめてますが、締め切りまでにものがとれてきたらの話。とれなかったら仕方ない、ですね。
晴れて気温上がる。
気が付いたら日が落ちていた、みたいな?
perl 5.8からEncodeが標準装備されたのか。最近perlをあんまり触ってなかったので流れについていけてませんでした。
'Guess' は便利なんですけれど、落とし穴も。文字コード不明の日本語octetをEUC-JPのoctetに変換する例
use Encode;
use Encode::Guess qw/ shiftjis euc-jp 7bit-jis /;
.....
$data = encode('euc-jp', decode('Guess', $data));
は、往々にして判別できない場合もあり、ランタイムエラーで停止してしまいます。しかも、エラーログには
shiftjis or utf8 at /usr/local/pkg/perl/5.8.7/lib/i386-linux-thread-multi/Encode.pm line 166
のように、エラー発生箇所が元のスクリプト上の位置ではなく、モジュール側の位置で出力されるので、わかっていないと原因特定に苦しめそうです。解決策としては、多少の文字化けを覚悟するなら
my $guess_enc = "utf8";
my $enc = guess_encoding($data, qw/ euc-jp shiftjis 7bit-jis/);
if(ref($enc)){
$guess_enc = $enc->name;
}elsif($enc =~ /or\s+([\w\d-]+)/){
$guess_enc = $1;
}
$data = encode('euc-jp', decode($guess_enc, $data));
のように、中間で一旦、推測関数の出力をチェックするようにすべきでしょう。
有機セミナーでの実験報告。もう一辺やり直したいとか思うほどではないのですが、時間があればもうちょいなんとかしたかった部分はありますね。ともかく場が凍り付くとかそういうことはなく終わった。
Jutzi先生がいらっしゃってシリコセンの化学について講演されたので聞く。多様な反応性があって面白いです。
恒例の秋の野球大会.....ですが朝からじゃかじゃか降っていて、つくばでボウリングをするということに。3ゲームしましたけれど、相変わらずなスコアだなあ。それなりにストライクとかスペアとか出るんだけど、後が続かないのでスコアが全然伸びない。
野球とボウリングでは勝てる要素が違うと見えて、研究室対抗の順位はかなり入れ替わったのですが、うちはまあなんというかいつものポジションをキープ(最下位ではありませんよ、念のため)。
試験ではあるのだけれども、試験だとは思わず、自分の研究を伝えたいと思うことが大事(G先生談)、だそうです。
化学教室の雑誌会で岡崎先生が講演されました。お話自体は先生のこれまでのお仕事をまとめたものなので、我々的にはもう何度も聞いた話になりますが、知識、テクニックを用いて新しい化合物を安全に取り扱えるようにするのがchemistだというお言葉は深い。
雨は上がったが寒い。
小沢さんは辞意撤回だそうです。それはベストの選択でしょうが、それはそれでなんだかなあ。
雨。
民主党の小沢代表が辞めるとか言い出す。この間の党首会談で福田総理から連立話を持ちかけられた件の余波。しかし安倍前総理が先鞭つけたせいなのか、えらいひとがいきなり投げ出すのがブームだねえ。
特措法期限切れで海上自衛隊に撤収命令だそうで。
これまであちこちで喋ったことをただ並べるだけなのに、どうしてこんなに手間と時間がかかるんだろう.....。それがまとめるということか。