中世以降、麁妙調進の実務を担った木屋平の三木氏（御殿人）は、下知状などの史料によれば名主職として公事を請け負い、在家の管理を行う優れた実務能力を持った在地領主であった。史料上に三木氏自身が「古代忌部氏の直系である」と明記されているわけではないが、朝廷から阿波国司を経て発給された官宣旨を、名主である三木氏が所持し受け継いできた事実は極めて重要である。三木氏はその卓越した地域統括力をもって、山岳資源の調達から織造に至る複雑な工程を管理し、国家からの命令である「忌部氏人」の職務を実質的に完遂する立場にあった。

鎌倉時代後期まで機能していた調進の公的システムは、建武の新政以降、細川氏など武家政権への移行に伴い途絶えていった。さらに戦国時代には朝廷の困窮により大嘗祭自体が約二百年以上にわたり中絶し、麁妙調進も完全に実態を失った。しかし、三木氏の真の凄みは、公的システムが完全に消滅した後の数百年もの間、かつて朝廷から下された鎌倉期の官宣旨を家の誇りとして大切に守り抜いたことにある。決して文書と記憶を手放さず、長く暗い時代を生き抜いたその執念と誇りこそが、三木家の真の偉大さを物語っている。

なお、明確な一次史料に基づく史実としてではなく、地形的な制約や中世の歴史的動態を考慮した論理的な推測として、以下の変遷シナリオが考えられる。

忌部神社は『延喜式神名帳』に載る麻植郡の名神大社であるが、中世の戦乱や長宗我部氏による兵禍などによって社殿が焼失し、本来の社地（正蹟）が不明となってしまった。

江戸時代に入ると、阿波忌部氏の祭祀権と正蹟をめぐり、川田（種穂神社）の神職である早雲家と、山崎（忌部神社）の神職である村雲家との間で激しい権力闘争が勃発した。特に1735年頃から1801年まで続いたこの紛争は「忌部公事」と呼ばれる。この争いに対し、藩が早期に裁定を下さず黙殺を続けた背景には、山崎村を正式な忌部神社として認定すれば広大な社地を返還せざるを得なくなり、年貢収入が激減してしまうという藩側の財政的な思惑があった。

事態は泥沼化し、元文5年（1740年）に京都へ上って正当性を訴えようとした村雲勝太夫は、早雲側の密告によって藩から神職を剥奪され海部へ追放された。寛延2年（1749年）、密かに帰村し拝殿で参拝していた勝太夫は、早雲民部・早雲式部父子から暴行を受け死亡するに至る。さらに早雲氏は山崎の神鏡を奪い、あろうことか山崎忌部神社に火を放って焼き払うという暴挙に出た。こうした早雲氏の度重なる不法行為や専横が長年放置された背景には、藩の家老との癒着だけでなく、同族であり当時の藩主・蜂須賀治昭に重用された「早雲古宝（伯耆）」の強い影響力があったとみられる。

また宝暦年間には、貞光の忌部神社（御所神社）の神職が証拠の神宝を掲げて多数の参拝者を集めたが、藩はこれに対しても神職父子を投獄・追放し、神宝を没収して空海筆とされる額面を打ち砕き焼き捨てるという徹底的な弾圧を行っている。

山崎村民は、早雲側による神事の強行やそれに伴う異常事態に耐えかね、寛政7年（1795年）に箱訴（直訴）に踏み切ったが、惣代6名が投獄され獄中死者を出す惨事となった。最終的に寛政13年（1801年）に早雲氏（中川氏）が罷免されたことで、約60年にわたる争論は一応の終息を見た。しかし、この血塗られた抗争と焼き討ちによって、山崎村の旧社地からは由緒を示す社殿などの物理的証拠が完全に失われてしまったのである。

この忌部公事が争われていた江戸時代、史料上にはもう一つの正蹟候補地が記録されている。江戸時代後期の『阿波国22社巡拝記』に記された麻植郡宮ノ嶋村の「宮之嶋八幡宮（浮島八幡宮）」である。同社は一説によれば白鳳2年（674年）創建とされ、名神大社の忌部神社であると伝えられていた。

同書には、古老の伝承として「中世に川嶋の城主である林氏が村に来て、鎮座していた八幡宮を忌部の社内に遷座して合殿とした。領主が特に八幡宮を信仰したため、忌部の神号はいつの間にか廃れてしまった」と記録されている。また、社地については「昔から葬墓がなく、水難のない浮嶋である」と具体的な地勢が記されていた。

しかし、この候補地に対する地形や遺構からの実証的な検証は現在では不可能となっている。大正時代の吉野川改修工事に伴い、同社が鎮座していた善入寺島の住民約3000人が立ち退きを余儀なくされたためである。1915年（大正4年）に浮島八幡宮を中心とする43社が移転・合祀され、翌1916年（大正5年）に現在の川島神社として新たに創建された。

旧社地は改修工事（爆破等）によって完全に失われ、過去の地形や信仰の動線を示す物理的な証拠は消滅した。したがって、宮之嶋八幡宮が忌部神社の正蹟であったかという真実は、確かな物的証拠を欠く以上「不明」のままとせざるを得ない。

1871年（明治4年）、忌部神社は「所在地不明」のまま国幣中社に列格された。官社として国家から経費が支給されるため、どこが「正蹟」であるかの特定が急務となった。1874年（明治7年）、小杉榲邨は木屋平村の「三木家文書（正慶元年）」などを根拠に、麻植郡山崎村（現・吉野川市山川町）の天日鷲神社を正蹟と断定する建言書を政府に提出した。同社は、阿波忌部氏の祖神であり製麻・製織の神として知られる天日鷲命（あめのひわしのみこと）を祀る古社である。これにより、一度は山崎村が正蹟と認定された。

しかし、小杉が山崎村説の根拠とした三木家文書（正慶元年）について、後に三木貞太郎が「明治6年に小杉から依頼（廃社になると脅されて強要）されて偽造した」と自首する書簡の写しが残されている。この記述は、「西野氏広瀬文庫（西野市広瀬文庫）」に所蔵されている論争資料の中のメモが根拠となっており、メモには「折目栄宛、三木貞太郎書簡の写し」が存在すると記されている。

2008年7月に発行された『阿波学会紀要 第54号』に掲載された報告「美馬市旧木屋平村における文書調査」では、徳島県立文書館などの合同チームが三木家に伝来する寛政期の古文書を分析した結果、17世紀終わりの土地取引不正事件による特権喪失や、当主と嫡男の相次ぐ他界による苦境などが判明したと報告している。

小杉自身は、この忌部神社の論争において教部省の役人に自説を説き伏せたことで知遇を得て、明治7年に教部省へ出仕するなど、中央への栄達を果たした。

「美馬市旧木屋平村における文書調査」によると、寛政期（18世紀末）の文書には三木家の由緒を紹介したものや、和紙に関する文書が多数確認されている。

小杉榲邨が山崎村を正蹟と断定した背景には、疑義の残る古文書だけでなく、実は現地における強力な「物理的遺構」の発見があった。嘉永3年（1850年）、阿波国風土記編輯御用掛であった野口年長が山崎村の黒岩と呼ばれる旧社地を調査した際、四方に一丈（約3メートル）余りもある巨大な「四至立石（しいしたていし）」を発見したのである。これを測量した結果、東西十一町、南北二十七町となり、古代の大社の基準である「四至九町の制」と見事に合致することが判明した。

江戸期の早雲氏による社殿の焼き討ちによって建造物は失われていたが、この四至立石の存在こそが、山崎村がかつて延喜式に載る名神大社としての広大な社地を有していたことを裏付ける決定的な物証となった。

一方で、美馬郡貞光（御所神社）には、忌部氏の祖神である天日鷲命が友内山から降臨したとする具体的な伝承が語り継がれ、近世には集散地として栄えた経済的・文化的な繁栄の歴史がある。宝暦年間の藩による厳しい弾圧にもかかわらず、貞光が依然として有力な正蹟候補として支持され続けたのは、こうした地域に根ざした信仰の動線が息づいていたためである。

細矢庸雄が山崎村説に真っ向から反対した背景には、作られた由緒や一部の遺構にとらわれず、現地の地形や信仰の実態を自らの足で比較検証したことが影響しているとみられる。偽造を疑われる史料、焼け残った境界石、そして土地に刻まれた伝承の対立が、所在地論争をかつてないほど複雑化させていったのである。

1875年（明治8年）、讃岐国田村神社の細矢庸雄らが、美馬郡西端山（現・つるぎ町貞光）の御所神社を忌部神社とする説を主張し、小杉の山崎村説と激しく対立した。この御所神社も天日鷲命を主祭神とし、かつて忌部氏の後裔とされる三木氏が奉斎したと伝わる創建不詳の由緒ある神社である。1881年（明治14年）、政府は小杉の考証を却下し、方針を転換して御所神社を忌部神社に変更した。しかし、これに対して今度は山崎村側が猛反発した。

1885年（明治18年）、政府はこの果てしない論争に終止符を打つため、名東郡富田浦町（現在の徳島市、眉山中腹）に新社地を定めるという妥協策を通達した。1892年（明治25年）、現在の忌部神社が正式に遷座し、御所神社はその境外摂社とされた。政治的決断によって「新規な歴史」が創られる結果となった。

中世の戦乱、江戸期の利権闘争による暗殺や焼き討ち、近代の治水工事などによって幾多の物理的証拠が失われてしまった以上、厳密な意味での古代忌部神社の鎮座地が山崎村であったのか、貞光村であったのか、あるいは全く別の場所であったのかという真実は、今後新たな一次史料が発見されない限り「不明」のままとせざるを得ない。

忌部神社の所在地論争に絡む古文書偽造事件の背景には、江戸時代後期から明治にかけての冷酷な権力構造と身分格差が存在していた。嘉永3年（1850年）の「組頭庄屋等名簿」が示す通り、貞光側の折目氏や川田側の住友氏らが多額の献金によって「小高取」などの特権的地位を確固たるものにしていたのに対し、三木家はすでに公的な特権を喪失し、有力者名簿の圏外へと没落していた。この圧倒的な力関係の落差を鑑みれば、無力な状態にあった三木貞太郎が、中央の権威（小杉榲邨）からの廃社の脅しに屈して文書偽造に手を染め、その後、対立する強大な地域権力（貞光側の折目氏）の猛追及に耐えきれずに自首・告白へと追い込まれたのは、歴史の必然であったと言える。

政府の妥協案により新社地が徳島市に定められた結果、山崎側も貞光側も名神大社の正蹟としての公認は得られなかった。しかし、大正時代に入り大嘗祭における麁妙調進が国家事業として復活したことで、事態は劇的な逆転を迎える。一度は偽造の汚点を残した三木家であったが、彼らの手元には偽造ではない本物の一次史料「官宣旨」が守り抜かれていたことで、調進の統括責任者としての正統性を証明した。

同時に、実際の麁妙製造にあたっては、地形的に不可能な木屋平に代わり、吉野川下流域の豊富な水利と技術を持つ山崎側（天日鷲神社）の境内へ「麁服織殿」が特設され、そこでの水晒しや機織り工程が不可欠となった。作られた由緒や政治的な駆け引きの勝敗ではなく、代々死守してきた「本物の史料（三木家）」と、土地に刻まれた「確かな技術と地形的条件（山崎側）」。この二つの実体が結びつくことによってのみ、古代の儀式は遂行可能となったのである。

「木屋平の山奥で荒妙を製造した」という伝説や、名目上の神社論争を超え、三木家と山崎側が「由緒ある名義人」と「不可欠な技術実行者」という両輪のパートナーとして歴史の表舞台に見事な復活を遂げた事実は、地形という嘘をつかない証拠に基づく実証的歴史のダイナミズムを現代に静かに物語っている。