追加要素など
1.場所など追加
エメラルド版では、新たに追加された場所がある。
103番道路に「変化の洞窟」、111番道路に「幻影の塔」「トレーナーヒル」、ルビサファでバトルタワーがあった場所に「バトルフロンティア」、そのバトルフロンティアに「アトリエの穴」、114番道路の化石マニアの家に「砂漠の地下道」、ルビサファでシダケ、ハジツゲ、カイナにそれぞれコンテスト会場があった場所に、それぞれ「バトルテント」、クリア後サファリゾーンに「ジョウトゾーン」、流星の滝に洞窟がひとつ、追加されている。
さらに、隠しダンジョンで映画第8弾"ミュウと波導の勇者"前売り券で行ける「最果ての孤島」も追加されている。
2.ジムリーダー変更
ルビサファではルネのジムリーダーはミクリだったが、エメラルド版ではミクリの師匠であるアダンがジムリーダーになっている。
エメラルド版のミクリは、ポケモンリーグのチャンピオンになっている。
3.バトルとかでの変更
エメラルド版ではポケモンが出現した時にアクションが追加されている。
さらに、フィールドではトレーナーが目立たぬ場所から突如乱入してきて2ｖｓ2になることがある。
4.その他いろいろ
＠ルネ攻略中にグラードンとカイオーガが対峙するが、その対決している場面と、レックウザ出現時の場面を描写したムービーを見ることが出来る。
＠グラードン、カイオーガ、レックウザ、レジロック、レジアイス、レジスチルとの対決になると、対決直前のエフェクトが固有のものになっている。
＠ミクリがチャンピオンになったので存在が危ぶまれたダイゴだが、クリア後に流星行くとの滝のわざマシン23がある地帯に洞窟があるので入ると奥まった場所にダイゴが背を向けている。話しかけるとバトルになるが、ルビサファの時よりＬｖが20上がった面々で登場。
＠オダマキを追いかけるＬｖ２のポチエナが、エメラルド版ではジグザグマＬｖ２になっている。