ストーリーでは参戦作品の多くが既に原作を消化しており居るだけ参戦と化し、会話にちょこちょこ絡む程度。
その上新規参戦作品の扱い方が悪く、ガンダムSEEDの場合今になって突然コーディネーターの住むコロニーが明るみになるは、 前作二次αで人類同士の争いに終止符がうたれたというのにまた蒸し返すは、銀河のピンチな一大事にすら空気を読まず連邦と 大戦争をおっぱじめるは、不自然だらけな設定であからさまに浮いてました。今旬のアニメ作品なので話題集めにと参戦させたの でしょうが無理やりねじ込んでまで参戦させた結果がコレ。酷いものです。SEEDは携帯機のJのみに絞った方が良かったのでは？
期待のゲーム参戦であるバーチャロンはテムジン、ハッター、フェイのたった三機のみで居るだけどころか空気扱い。 話にまるで絡んでこず、初登場時とその後数回場の空気をまったく読まず漫才始めるだけ。ボスクラスの敵との戦闘時各作品の キャラクターはその敵との会話があるのにバーチャロン勢は何も喋りません。能力はかなり優れていますし戦闘アニメも凝ってま すが、こんな扱いではこれっぽっちも嬉しくない。ユーゼスが夢見ていた因果律制御装置のタングラムなんて今回うってつけだし、 機体もせめてライデン、サイファー、エンジェラ、ジグラット、ヤガランテ辺りは出して欲しかった…。
逆にオリジナルキャラ、イデオン、ガオガイガーは超優遇のまるで主役扱い。個人的にイデオンの話は結構好きですが、アクが強い 話が最後まで続くのでイデオンに興味の無い人にはキツイかも。もうちょい控えて他の作品に花を持たせてほしかったかな。
ガオガイガーについてはピンチになれば勇気勇気で万事解決、ご都合主義万歳なノリがひたすら続きます。SEEDとは別の意味 で浮いてる存在です。これは好き嫌い以前の問題で、戦争話のロボット大戦には合わな過ぎるかと。
オリジナルキャラについてはもう散々言い尽くしてきているので多くは語りません。あえて言うなら、主役は参戦作品であり、オリ ジナルはあくまで参戦作品同士の接着剤役だというのを自覚して頂きたい。それだけです。

全体的なストーリー演出もイマイチで、二次αまでは太陽系内の話だったのに対し、今作は実にあっさりと銀河の彼方に何度も ワープするのでαで感じた壮大さが今作では微塵も感じられない。
またαであれだけの力を見せつけたバルマー帝国が実は数ある一艦隊に過ぎないという驚くべき設定だったのに、今作では同クラス の艦隊が簡単に壊滅していく。イデオンのバッフ＝クラン勢も銀河を取り囲む程の大部隊という設定も、ゼントラーディ軍を震撼さ せたプロトデビルンもその強大さを描写しきれてはいなかった。最終話の敵も取ってつけたような出方をする霊的な存在と陳腐さ。
大風呂敷に広げすぎた話をまとめる事が出来ず、αシリーズの終りとしては余にしょぼい幕引きに興醒めしました。

話だけでも不満てんこもりですが、音楽もそれに引けを取らない駄目さ加減。二次αからの使いまわしの曲は全て劣化しているし、 他の曲も過去のシリーズより劣る再現度です。

システム面では二次α同様小隊システムが扱い辛くて不満ですね。例えば、
・ミッション画面での編成が面倒。自動編成以外は変化が無く、強制出動時や部隊を分けた後一々編成をやり直さないといけない。 また強化パーツも強制的に外される為(以下略。
・オール武器前提の戦闘となりそれ以外の武器は使用しなくなる。折角のアニメーションも泣いてます。オール武器を持っていない 機体は即二軍行き。
・小隊隊長は基本的に能力値の高いキャラだが小隊員は能力値の低い加速等の精神コマンド要員なので戦闘で足を引っ張ってしまう。 その為、毎回戦闘時に集中、ひらめき、直感などを使用しなければならず、これもテンポを崩す要因となる。
などなど、デメリットばかりが目立ちます。
確かに倉庫行きになるキャラを使えるという点では良いのですが、それ以外のメリットがまるで無く面倒なだけ。 今後は小隊システムは入れないで欲しいです。

他MXのレビューでも書いてますが、キャラクター能力値の射撃、格闘といういい加減な能力値とPPポイントの見直しもして欲しい ところ。